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一般情況下采樣深度應在監測井水面下0.5 m以下。對于低密度非水溶性有機物污 染，監測點位應設置在含水層頂部；對于高密度非水溶性有機物污染，監測點位應設置在含水層底部和不透水層頂部。

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事實上，土壤本身是一種高度不均勻的介質，采樣誤差遠遠大于分析誤差。研究隨機選取1畝土地等土壤性質變化不大的地塊9個樣點，分別采集9個土壤樣品，分析土壤有效磷含量。結果表明，樣品之間的方差是平行樣品的6倍，是儀器讀數重復的73倍，表明取樣誤差遠大于儀器分析誤差。同樣，在另一種情況下，對一個40米寬、32米的田進行8米×8米的網格采樣。對20個樣品進行全氮分析，發現采樣誤差遠大于分析誤差。

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研究表明，土壤表面0~15厘米的鎘含量為5.0毫克/公斤，但如果將其粘土部分分離開，則測定的鎘含量高達18毫克/公斤。由于土壤中鎘主要吸附在粘粒上，主要土壤質地的差異在采集土樣時會產生顯著影響。因此，在耕作過程中，土壤顆粒的再分布很容易導致土壤重金屬的差異。一些日本科學家表明，犁耙田后，由于土壤粘度顆粒的漂浮和沉淀在土壤表面，水田表面3厘米土層的重金屬含量可比下層高出兩倍以上。所以取樣必須上下均勻取樣，否則容易造成誤差