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樣品采集一般按三個階段進行：早期取樣：根據背景數據和現場調查結果，采集一定數量的樣品進行分析測定，初步驗證污染物空間分異性，判斷土壤污染程度，制定監測方案(選擇分布方式，確定監測項目和樣品數量)，早期取樣可與現場調查同時進行。正式采樣：按監測方案進行現場采樣。補充采樣：正式采樣試驗后，發現布置的樣點不符合整體設計需要，應增加采樣點補充采樣。

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按樣品名稱、編號和粒徑分類保存。對于易分解或揮發等不穩定成分的樣品，應采用低溫保存的運輸方式，并盡快送到實驗室進行分析和測試。試驗項目需要新鮮樣品的土壤樣品。采集后，可密封的聚乙烯或玻璃容器應在4℃以下避光，樣品應充滿容器。避免使用含有待測成分或干擾試驗材料的容器進行樣品保存并使用玻璃容器來保存測定有機污染物的土壤樣品。

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對于水污染，一般呈沿河兩岸污染的線性分布特征，受地形影響較大。由于土壤吸附性能大，進入稻田后，重金屬在田間非常不均勻。據日本科學家介紹，鎘、鋅、鉛等元素的濃度在54米長的田間可以相差一倍，鎘分別為2.02和1.04毫克/公斤，銅分別為348~168毫克/公斤，鋅分別為101~53.1毫克/公斤;而且田間兩側的值也不一樣。